1学年分インストールした後に、別の学年をインストールすると、最初にインストールした学年が消えてしまいました。

それぞれの学年でインストールする場所を変更したのが原因と考えられます。 インストールする場所は同じ場所にしていただく必要があります。 （初期の場所だとc:¥ProgramData¥manaviewer） 上書きメッセージが表示されてもそのまま「はい」を選んで進んでください。