登録ユーザーCSVをダウンロードして、ユーザーを削除し一括登録し直しましたが、ユーザー情報が削除できません。

CSVファイルは、ユーザーの追加のみで、ユーザーを削除することはできません。ユーザー情報の削除は、管理者がライセンス管理システムから行ってください。
詳しい手順は、クラウド版設定マニュアル5・6ページをご覧ください。